수출액이 소액인 지점이 재화를 수입하는 경우 재화의 수입에 대한 부가가치세 납부유예 적용 여부

직전 사업연도에 수출액이 차지하는 비율이 30% 이상인 중소기업에 해당하는 법인의 A지점에서 재화를 수출하고, B지점이 재화를 수입하는 경우 재화의 수입에 대한 부가가치세 납부유예를 적용받을 수 있는 것임

[회신] ○ 기획재정부 부가가치세제과-351, 2022.8.3. 귀 질의의 경우 1안이 타당합니다. 직전 사업연도 매출액 대비 수출액이 차지하는 비율이 30% 이상이며, 중소기업에 해당하는 법인의 A지점에서 재화를 수출하고, B지점이 재화를 수입하면서 ｢부가가치세법 시행령｣ 제91조의2제1항제3호의 요건을 모두 충족하는 경우 같은 법 제50조의2에 따라 해당 재화를 수입할 때 부가가치세의 납부를 유예할 수 있는 것입니다. 질의요지 ○ 직전 사업연도에 수출액이 차지하는 비율이 30% 이상인 중소기업에 해당하는 법인의 A지점에서 재화를 수출하고, B지점이 재화를 수입하는 경우 재화의 수입에 대한 부가가치세 납부유예를 적용받을 수 있는지 사실관계 ○ ㈜○○테크(이하 “질의법인”)는 ’00.7월부터 엔지니어링 플라스틱 소재를 제조하는 사업자로 2개의 지점을 운영하면서 ○ A지점이 폐기물 관련 허가사업장인 B지점으로부터 폐기물허가증을 위탁받아 원재료를 수입하고 그 원재료를 제조‧가공하여 A지점 명의로 제품수출을 하면서 수입부가세를 납부유예 받았는데 ○ ’21년 폐기물허가증 위탁이 불가함에 따라 B지점 명의로 폐기물 관련 원재료 수입 및 통관이 발생하고 있으나 수출액은 소액이며 ※ B지점 명의의 원재료 수입부가세 납부유예 가능여부를 질의 ○ A지점에서는 폐기물을 제외한 원재료 등 수입 및 제품수출이 발생하고 있음 ○ 질의법인은 ① 직전 사업연도에 중소기업에 해당하는 법인으로 ② 직전 사업연도에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액의 합계액 중 수출액이 차지하는 비율이 30% 이상 * 이면서 수출액이 50억원 이상임 * 질의법인의 전체 수출액 비중은 72.8%이고, 그 중 A지점이 99.8% 차지 관련법령 ○ 부가가치세법 제3조 【납세의무자】 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로서 개인, 법인(국가ㆍ지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다), 법인격이 없는 사단ㆍ재단 또는 그 밖의 단체는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다. 1. 사업자 2. 재화를 수입하는 자 ○ 부가가치세법 제6조 【납세지】 ① 사업자의 부가가치세 납세지는 각 사업장의 소재지로 한다. ② 제1항에 따른 사업장은 사업자가 사업을 하기 위하여 거래의 전부 또는 일부를 하는 고정된 장소로 하며, 사업장의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ○ 부가가치세법 제8조 【사업자등록】 ① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다. (이하 중략) ○ 부가가치세법 제35조 【수입세금계산서】 ① 세관장은 수입되는 재화에 대하여 부가가치세를 징수할 때(제50조의2에 따라 부가가치세의 납부가 유예되는 때를 포함한다)에는 수입된 재화에 대한 세금계산서(이하 "수입세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 수입하는 자에게 발급하여야 한다. ○ 부가가치세법 시행령 제72조 【수입세금계산서】 ① 법 제35조제1항에 따른 수입세금계산서는 법 제32조제1항에 따른 세금계산서 발급에 관한 규정을 준용하여 발급한다. 이 경우 법 제50조의2제1항에 따라 부가가치세 납부가 유예되는 때에는 수입세금계산서에 부가가치세 납부유예 표시를 하여 발급한다. ○ 부가가치세법 제50조 【재화의 수입에 대한 신고·납부】 제3조제1항제2호의 납세의무자가 재화의 수입에 대하여 「관세법」에 따라 관세를 세관장에게 신고하고 납부하는 경우에는 재화의 수입에 대한 부가가치세를 함께 신고하고 납부하여야 한다. ○ 부가가치세법 제50조의2 【재화의 수입에 대한 부가가치세 납부의 유예】 ① 세관장은 매출액에서 수출액이 차지하는 비율 등 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 중소ㆍ중견사업자(이하 이 조에서 "중소ㆍ중견사업자"라 한다)가 물품을 제조ㆍ가공하기 위한 원재료 등 대통령령으로 정하는 재화의 수입에 대하여 부가가치세의 납부유예를 미리 신청하는 경우에는 제50조에도 불구하고 해당 재화를 수입할 때 부가가치세의 납부를 유예할 수 있다. ② 제1항에 따라 납부를 유예받은 중소ㆍ중견사업자는 납세지 관할 세무서장에게 제48조에 따른 예정신고 또는 제49조에 따른 확정신고 등을 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 납부가 유예된 세액을 정산하거나 납부하여야 한다. 이 경우 납세지 관할 세무서장에게 납부한 세액은 세관장에게 납부한 것으로 본다. ③ 세관장은 제1항에 따라 부가가치세의 납부가 유예된 중소ㆍ중견사업자가 국세를 체납하는 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우에는 그 납부의 유예를 취소할 수 있다. 이 경우 세관장은 해당 중소ㆍ중견사업자에게 그 취소 사실을 통지하여야 한다. ④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 납부유예의 신청 절차, 납부유예 기간 및 그 밖에 납부유예에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ○ 부가가치세법 시행령 제91조의2 【재화의 수입에 대한 부가가치세 납부 유예】 ① 법 제50조의2제1항에서 "매출액에서 수출액이 차지하는 비율 등 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 중소ㆍ중견사업자"란 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 중소ㆍ중견사업자(이하 이 조에서 "중소ㆍ중견사업자"라 한다)를 말한다. 1. 직전 사업연도에 「조세특례제한법 시행령」 제2조 에 따른 중소기업 또는 같은 영 제6조의4제1항에 따른 중견기업에 해당하는 법인( 「조세특례제한법」 제6조제3항제2호 에 따른 제조업을 주된 사업으로 경영하는 기업에 한정한다)일 것 2. 직전 사업연도에 법 제21조에 따라 영세율을 적용받은 재화의 공급가액의 합계액(이하 이 호에서 "수출액"이라 한다)이 다음 각 목에 해당할 것 가. 직전 사업연도에 「조세특례제한법 시행령」 제2조 에 따른 중소기업인 경우: 직전 사업연도에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액의 합계액에서 수출액이 차지하는 비율이 30퍼센트 이상이거나 수출액이 50억원 이상일 것 나. 직전 사업연도에 「조세특례제한법 시행령」 제6조의4제1항 에 따른 중견기업인 경우: 직전 사업연도에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액의 합계액에서 수출액이 차지하는 비율이 30퍼센트 이상일 것 3. 제3항에 따른 확인 요청일 현재 다음 각 목의 요건에 모두 해당할 것 가. 최근 3년간 계속하여 사업을 경영하였을 것 나. 최근 2년간 국세(관세를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 체납(납부고지서에 따른 납부기한의 다음 날부터 15일 이내에 체납된 국세를 모두 납부한 경우는 제외한다)한 사실이 없을 것 다. 최근 3년간 ｢조세범처벌법｣ 또는 ｢관세법｣ 위반으로 처벌받은 사실이 없을 것 라. 최근 2년간 법 제50조의2제3항에 따라 납부유예가 취소된 사실이 없을 것 ② 법 제50조의2제1항에서 "원재료 등 대통령령으로 정하는 재화"란 중소ㆍ중견사업자가 자기의 과세사업에 사용하기 위한 재화를 말한다. 다만, 법 제39조제1항에 따라 매출세액에서 공제되지 아니하는 매입세액과 관련된 재화는 제외한다. ③ 중소ㆍ중견사업자는 다음 각 호의 신고기한의 만료일 중 늦은 날부터 3개월 이내에 관할 세무서장에게 제1항 각 호 요건의 충족 여부의 확인을 요청할 수 있다. 1. 직전 사업연도에 대한 ｢법인세법｣ 제60조 또는 제76조의17에 따른 신고기한 2. 직전 사업연도에 대한 법 제49조에 따른 신고기한 ④ 관할 세무서장은 중소ㆍ중견사업자가 제3항에 따른 확인을 요청한 경우에는 해당 중소ㆍ중견사업자가 제1항 각 호에 해당하는지 여부를 확인한 후 요청일부터 1개월 이내에 기획재정부령으로 정하는 확인서를 해당 중소ㆍ중견사업자에게 발급하여야 한다. ⑤ 법 제50조의2제1항에 따라 부가가치세의 납부를 유예받으려는 중소ㆍ중견사업자는 제4항에 따라 발급받은 확인서를 첨부하여 기획재정부령으로 정하는 부가가치세 납부유예 적용 신청서를 관할 세관장에게 제출하여야 한다. ⑥ 법 제50조의2제1항에 따른 납부유예는 ｢관세법｣ 제38조 에 따른 납세신고를 할 때 납부하여야 하는 부가가치세에 한정하여 적용한다. ⑦ 제5항에 따라 신청을 받은 관할 세관장은 신청일부터 1개월 이내에 납부유예의 승인 여부를 결정하여 해당 중소ㆍ중견사업자에게 통지하여야 한다. ⑧ 제7항에 따라 납부유예를 승인하는 경우 그 유예기간은 1년으로 한다. ⑨ 중소ㆍ중견사업자는 법 제48조제1항, 법 제49조제1항 또는 법 제59조제2항에 따른 신고를 할 때 해당 재화에 대하여 법 제38조제1항제2호에 따라 공제하는 매입세액과 납부가 유예된 세액을 정산하여 납부하여야 한다. ⑩ 법 제50조의2제3항에서 "국세를 체납하는 등 대통령령으로 정하는 사유"란 해당 중소ㆍ중견사업자가 납부유예를 승인받은 후 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우를 말한다. 1. 해당 중소ㆍ중견사업자가 국세를 체납한 경우 2. 해당 중소ㆍ중견사업자가 ｢조세범처벌법｣ 또는 ｢관세법｣ 위반으로 국세청장ㆍ지방국세청장ㆍ세무서장 또는 관세청장ㆍ세관장으로부터 고발된 경우 3. 제1항 각 호의 요건을 충족하지 아니한 중소ㆍ중견사업자에게 납부유예를 승인한 사실을 관할 세관장이 알게 된 경우 ⑪ 국세청장, 지방국세청장, 세무서장은 해당 중소ㆍ중견사업자가 제10항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사실을 알게 되었을 때에는 지체 없이 그 사실을 관세청장에게 통보하여야 한다. ⑫ 법 제50조의2제3항에 따른 납부유예 취소는 중소ㆍ중견사업자가 부가가치세 납부를 유예받고 수입한 재화에 대해서는 영향을 미치지 아니한다. ○ 부가가치세법 시행규칙 제62조 【부가가치세 예정신고 및 확정신고】 ⑮ 영 제91조의2제3항 및 제4항에 따른 부가가치세 납부유예 요건 확인요청서 및 확인서는 별지 제33호의2서식과 같다. ○ 조세특례제한법 시행령 제2조 【중소기업의 범위】 ① 법 제6조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 않는다. 1. 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 1에 따른 규모 기준("평균매출액등"은 "매출액"으로 보며, 이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것 3. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조제1항 에 따른 공시대상기업집단에 속하는 회사 또는 같은 법 제14조의3에 따라 공시대상기업집단의 소속회사로 편입ㆍ통지된 것으로 보는 회사에 해당하지 않으며, 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호 에 적합할 것. 이 경우 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호 나목의 주식등의 간접소유 비율을 계산할 때 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외하며, 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호 다목을 적용할 때 "평균매출액등이 별표 1의 기준에 맞지 아니하는 기업"은 "매출액이 「조세특례제한법 시행령」 제2조제1항제1호 에 따른 중소기업기준에 맞지 않는 기업"으로 본다. 4. 제29조제3항에 따른 소비성서비스업을 주된 사업으로 영위하지 아니할 것 ○ 조세특례제한법 시행령 제6조의4 【상생결제 지급금액에 대한 세액공제】 ① 법 제7조의4제1항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 중견기업"이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 제9조를 제외하고 "중견기업"이라 한다)을 말한다. 1. 중소기업이 아닐 것 2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 업종을 주된 사업으로 경영하지 않을 것. 이 경우 둘 이상의 서로 다른 사업을 경영하는 경우에는 사업별 사업수입금액이 큰 사업을 주된 사업으로 본다. 가. 제29조제3항에 따른 소비성서비스업 나. 「중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법 시행령」 제2조제2항제2호 각 목의 업종 3. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 「중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법 시행령」 제2조제2항제1호 에 적합할 것 4. 직전 3개 과세연도의 매출액(매출액은 제2조제4항에 따른 계산방법으로 산출하며, 과세연도가 1년 미만인 과세연도의 매출액은 1년으로 환산한 매출액을 말한다)의 평균금액이 3천억원 미만인 기업일 것